Há por aí uma enorme confusão -- para a qual até o Procurador-Geral da República indevidamente contribuiu -- sobre a independência dos juízes e a autonomia do Ministério Público, que alguns teimam em equiparar. Ora, como mostrei aqui, nada há de comum entre as duas coisas.
Os juízes gozam de independência individual. Não integram nenhum corpo ou instituição hierarquizada, a cujos órgãos devam obediência. No exercício da sua função própria -- que é a de julgar -- não estão sujeitos a ordens nem orientações de ninguém, nem são, em princípio, responsáveis pela decisões que tomam. A Constituição garante essa independência pessoal e funcional dos juízes, como condição da independência dos tribunais e como exigência incontornável da separação de poderes e do Estado de Direito.
Por sua vez, os magistrados do Ministério Público não gozam individualmente de nenhuma independência funcional. A Constituição garante sem dúvida a autonomia do Ministério Público como instituição face ao Governo, através da autonomia dos seus órgãos próprios, a saber, a Procuradoria-Geral da República, à frente da qual se encontra o PGR. Mas os magistrados do MP são simples agentes da instituição. No exercício das suas funções, são independentes do Governo por causa da autonomia do MP, mas estão sujeitos a orientações e, mesmo, instruções hierárquicas da PGR ou dos escalões intermédios. Por isso, a autonomia do MP não pressupõe, nem pode pressupor, a autonomia pessoal dos seus agentes, que a Constituição não estabelece, nem consente.
Em suma, não se pode "contrabandear" a equiparação dos agentes do MP aos juízes, à conta da autonomia do MP como instituição (e dos seus órgãos), que aliás não está em causa. Eis porque a integração dos magistrados no universo subjectivo da lei da função pública só é constitucionalmente censurável em relação aos juízes (o que não quer dizer que os magistrados do MP não devam ser considerados como um "corpo especial" dentro da função pública, com estatuto próprio). É assim tão difícil perceber?
